A Aliança tem uma estrutura de governo e coordenação para a tomada de decisões. A TNC é a organização que lidera e implementa os acordos feitos no âmbito da Diretoria da Parceria para o campo.
Para criar Fundos de Água e apoiar suas metas, a Aliança dá suporte aos Fundos durante o processo de consolidação.
Com o tempo, e conforme a metodologia para a criação dos Fundos de Água foi aperfeiçoada, a forma de criar e estruturar os Fundos também mudou. Não obstante, a Aliança seguiu tradicionalmente a seguinte Estrutura Típica de Governança e Acompanhamento:
Deve-se notar que, à medida que os Fundos de Água evoluem e ganham independência, a estrutura de apoio muda para um papel consultivo.